分子晶體（tǐ）與原（yuán）子晶體-分子和（hé）晶體結（jié）構坐標編輯器(Cartes)1.3 綠色免費版手遊（yóu）最新版本（běn）

分（fèn）子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)有什麽功能

（一）晶體坐標變換
(1)晶體的分數坐標轉化成直角坐標。
(2)晶體的直角（jiǎo）坐標轉化成分數坐標。
(3)生成向ａ,ｂ,ｃ三個方向堆積i,j,k個晶胞的全部分數坐標或直角坐標。
(4)生成按照給定對稱性關係得出的所有相關原子的分數坐標或直角坐（zuò）標。
(5)按照空間群的對稱性由不等價原子推出一個晶胞內所（suǒ）有原子的坐標。
(6)查看空間群信（xìn）息，包（bāo）括國際空間群符號，Schonflies標記，晶係，Wyckoff位置以及（jí）所有對稱（chēng）性等價位置等。
(7)自動轉換*.cif文件：從*.cif文件中讀取選定結構，然後自動將其轉換成包含一個完整晶胞（bāo）的（de）坐標文件。
（二）分子坐標變換
(1)按照指定對稱操作（zuò）任意（yì）平移（yí）、旋轉、反映或（huò）反演當前的坐標（biāo）。
(2)將一組坐標的中（zhōng）心平移到原點。
(3)判斷分子的點群，並顯示（shì）主要對稱元素（如（rú）旋轉軸的軸向矢量，對稱麵的法向矢量等等）。
(4)自動調整分子取（qǔ）向，包括：
1)自動將（jiāng）分子的主軸調整到x,y,z軸上。
2)自動將分子的自定義的某個（gè）軸調整到自定義的另外一個軸上。
（三）各種文件格式的轉換
(1)可導入（rù）的直角坐（zuò）標文件格式有：
GaussianJobFiles(*.gjf)
XYZCoordinate(*.xyz)
BrookhavenPDBFiles(*.pdb,*.ent)
CrystallographicInformationFiles(*.cif)
MDLMOLFiles(*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
InsightIICARFiles(*.car)|*.car
CambridgeCrystallographic(*.csd,*.fdat,*.dat)
QuantaFiles(*.msf)
SybylMOL2Files(*.mol2)
Cerius2Files(*.msi)
CatalystFiles(*.cpd)
CatalystQueryFiles(*.chm)
MDLSketch(*.skc)|*.skc
InsightIIGridFiles(*.grd)
DSViewerProFiles(*.msv)
(2)可導入的分數坐標文件格式有（yǒu）：
GaussianJobFiles(*.gjf)
CrystallographicInformationFiles(*.cif)
(3)可導出的直（zhí）角坐標文件格式有：
GaussianJobFiles(*.gjf)
XYZCoordinate(*.xyz)
BrookhavenPDBFiles(*.pdb,*.ent)
MDLMOLFiles(*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
CatalystFiles(*.cpd)
CatalystQueryFiles(*.chm)
VRMLWorldFiles(*.wrl)
SmilesFiles(*.smi)
GIFFiles(*.gif)
JPEGFiles(*.jpg)
DSViewerProFiles(*.msv)
(4)可導出的分數坐標文件（jiàn）格式有：
GaussianJobFiles(*.gjf) 

關於分子和晶體這些想必大多數網友都不是（shì）很了解吧。因為這個詞匯太專業了，那麽化學專業的（de）網友應該對這個很了解。分子和晶（jīng）體結構坐標編輯器(Cartes)是對分子和晶體的結構進行編輯和操作的強大工具，它可以幫助（zhù）人們解決在進行理論和計算（suàn）化學研究時模型構造中所遇到的困難。接下來，詳細的介紹（shào）一下。

分子和晶（jīng）體結構坐標編輯器(Cartes)怎麽（me）用

分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)使用技巧

1、隻將部分方向上的坐標進行轉換：
可以通過設置特定的晶（jīng）胞（bāo）參數值（zhí）來實現。
例如：隻讓x直角坐標轉化成分數坐標，y、z坐標仍保持直（zhí）角坐標不（bú）變：
可以取a=a,b=1,c=1,alpha=90,beta=90,gamma=90
又（yòu）如：隻讓A和B分數坐標轉化成直角坐標，C坐標仍保持（chí）分數（shù）坐標不變：
可以取a=a,b=b,c=1,alpha=90,beta=90,gamma=gamma
其（qí）餘情況同理設置。
2、生（shēng）成按照給定（dìng）對稱（chēng）性（xìng）關係得出的所有相關原（yuán）子（zǐ）的分數坐標（biāo）或直角坐標。
如果既要演化（huà）出對稱性相關的坐標，又要保持原有（yǒu）坐標不變（通（tōng）常情況下確實如此），就應該將第一個對稱性相關矩陣設為恒等陣，即：
%
1000
0100
0010
然後再接著輸入（rù）給定對稱操作（zuò）對應的對稱性相關矩陣即可。
3、按照指定需要任意平移、旋轉、反映或（huò）反演當前的坐標：
隻寫相應操作的（de）對稱性相關矩（jǔ）陣（zhèn）即可，但最好用對直角坐標進行操（cāo）作的方法（因為對分數坐標（biāo）的操作會受到
晶體對稱元素（sù）的限製），如反演原先晶胞，再沿y方向平移1.8埃就可以寫為：
#
-1000
0-101.8
00-10
4、DOS下命令行方式
(1)在DOS下打開（kāi）文件
命令行輸入：cartes輸入文件名
(2)查（chá）看本使用幫助文件：
命（mìng）令（lìng）行輸入：cartes/? 

分子和晶（jīng）體結構坐標編輯器(Cartes)有什麽特（tè）點（diǎn）

（一）自動識別點群 
象Chem3D這樣專業的軟件目前尚沒（méi）有自動識別點（diǎn）群的功能，而GaussView的3.07以來的版本已經增加了此項功能（néng），但是其準確程（chéng）度令人擔憂。似乎GaussView傾向於低估分子的對稱性，例如它往往無法判斷出（chū）高於6重軸的對稱性，如碳管(7,7)，GaussView給出的（de）點群是C2h，而實際是D7d；又比（bǐ）如碳管(5,5)，它（tā）認為其點群是C5，而實際是D5d。
可見自己動手寫一個自動識（shí）別點群的程序是很具（jù）有挑戰性的，於是我就寫了這樣的程序，現在正好把它集成到Cartes軟件裏來了。
（二）自動調整分子取向
自動將分子的主（zhǔ）軸調整到x,y,z軸上。
自動將分子的自定義的某個軸調整到自定義的另外（wài）一個軸上。
（三）對稱操作矩陣（zhèn）自動生成向導（dǎo）
在進行對稱操作時，原先需要自行輸入變換矩陣，這往往要求用戶自己推求矩陣元，因而極為不方便。
現在我加入了對稱操作矩陣自（zì）動生成向導，可以十分方便（biàn）地按照對稱變換自（zì）動生成變化矩陣。我（wǒ）想這是一個令人振奮的改進！
（四）通過空間群自動添加操作矩陣
嚴格按照各個空間（jiān）群的（de）對稱（chēng）性關係自動來（lái）添加對稱操作矩陣，這應（yīng）該是繼對稱操作矩陣自動生成向導之後又一個明顯方便有效（xiào）的改進。
（五）多種文（wén）件格式的兼（jiān）容和互轉
如果有可（kě）能的話，以後我還會（huì）兼容其他文件格式——比（bǐ）如Gaussian等量化軟（ruǎn）件的out文件等等。
（六（liù））語言切換
有中文和英文兩（liǎng）種（zhǒng）語言的支持。
（七）OfficeXP界麵
另外還采（cǎi）用（yòng）了（le）真彩色菜單的技術，進一步美化了界麵。
（八）綠色軟件
無需安裝，直接運行，不產生垃（lā）圾文（wén）件，不對注冊表進行操（cāo）作。 
關於對稱操作的使用 
當選擇“對稱操作”後，會彈出一個輸入對稱性操作矩陣的麵板（bǎn），對稱性操作矩陣的格式和意義如下：
每一個對稱性相關矩陣必須以%（表示該對稱性相關矩陣對分數坐（zuò）標進行（háng）操作，其平移量采用（yòng）分數坐（zuò）標（biāo）的單位）或#（表示該
對稱性相關矩（jǔ）陣對直角坐標進行操（cāo）作，其平移量采用以埃為單位）開頭（tóu），換行或空（kōng）格後，就輸入對稱性相關矩陣，格式為：
p11p12p13t1
p21p22p23t2 
p31p32p33t3
其中t1,t2,t3的單位由標（biāo）識符‘%’和‘#’指明（含義見上），對於同一個輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。 芝（zhī）麻街英（yīng）語（yǔ）手機版下載-芝麻街英語app2.2.1 蘋果版